Профилактика и лечение тромбоза при АФС представляет ещё более сложную проблему. Это связано с неоднородностью патогенеза АФС, полиморфизмом клинических проявлений, отсутствием достоверных клинических и лабораторных показателей, позволяющих прогнозировать рецидив тромботических нарушений. Фактически до сих пор не разработаны общепринятые на международном уровне стандарты, касающиеся тактики ведения пациентов с различными формами АФС, а предлагаемые в настоящее время рекомендации основаны на результатах "открытых" испытаний или ретроспективного анализа исхода заболевания. Следует подчеркнуть, что глюкокортикоиды, цитостатические препараты и плазмаферез применяют только при АФС на фоне СКВ или другого аутоиммунного заболевания при необходимости подавить активность основного заболевания (например, СКВ) или при "катастрофическом" АФС. В случаях АФС без признаков другого заболевания, а также при высоких уровнях аФЛ они неэффективны (и даже противопоказаны), поскольку длительная глюкокортикоидная терапия потенциально может увеличить риск рецидива тромбоза, а цитотоксические препараты (и глюкокортикоиды) увеличивают риск осложнений антикоагулянтной терапии.
В связи с высоким риском рецидива тромбоза при АФС подавляющее большинство больных нуждаются в проведении профилактической антикоагулянтной терапии в течение длительного времени, иногда пожизненно. Исключение могут составить пациенты со стойкой (в течение нескольких лет) нормализацией уровней аФЛ при отсутствии рецидива тромбоза и исключении других факторов риска тромбозов. Однако и в этом случае риск рецидива тромбоза не может быть полностью исключён, и пациенты нуждаются в тщательном динамическом наблюдении и, вероятно, в приёме низких доз ацетилсалициловой кислоты.