Начало болезни может быть представлено поражением одного или двух органов, однако для развёрнутой клинической картины СКВ характерна полиорганная симптоматика. Клинические проявления существенно варьируют у разных больных и в разные периоды заболевания. Течение болезни волнообразное, с чередованием ремиссий и обострений. При обострениях возможно вовлечение в патологический процесс ранее интактных органов и систем.