Анатомо-физиологические особенности глазного яблока не позволяют применять у подавляющего большинства больных микробиологические и морфологические методы исследования очага воспаления в тканях глаза (данные методы считают наиболее достоверными для верификации при других локализациях туберкулёза).
Для дифференциальной диагностики туберкулёза глаз необходимо обследование больных в противотуберкулёзных учреждениях. Используют туберкулинодиагностику с отслеживанием очаговой реакции (реакции очага в тканях глаза), пробное лечение противотуберкулёзными препаратами; анализ рентгено- или флюорограмм, анализ биохимических и иммунологических показателей крови, выявление туберкулёза других локализаций. При хирургических вмешательствах исследуют удалённые ткани глаза с помощью молекулярно-генетических методов.
Туберкулёзную этиологию следует устанавливать только при наличии трёх основных диагностических критериев. К последним относят офтальмологическую картину с характерными признаками туберкулёза глаз, очаговую реакцию по типу обострения воспалительного процесса и терапевтический эффект пробного лечения. К вспомогательным методам относят анамнестические данные: туберкулёз и контакт с туберкулёзным больным, диспансерный учёт по гиперергической реакции Манту в детстве, иммунологические реакции. Кроме того, имеются диагностические методы, направленные на уточнение клинической картины заболевания (флюоресцентная ангиография, ультразвуковые методы и др.). При хориоретинитах наиболее значимым методом является флюоресцентная ангиография глазного дна, позволяющая не только отличить дистрофические поражения от воспалительных, но и выявить признаки, характерные для гранулематозного процесса. Ультразвуковая допплерография является неинвазивным методом, позволяющим определить состояние регионарного кровотока при любом расположении очага воспаления в тканях глаза. Установлено, что при туберкулёзе глаз замедляется скорость кровотока в центральной артерии сетчатки и задних коротких цилиарных артериях.