Семейство Mycobacteriaceae порядка Actinomycetales содержит единственный род Mycobacterium. В 1975 г. этот род насчитывал около 30 видов, а к 2000 г. это число уже приблизилось к 100. Большинство видов микобактерий относят к сапрофитным микроорганизмам, широко распространённым в окружающей среде. Группа облигатных паразитов незначительна, однако её практическая значимость велика и определяется видами, вызывающими туберкулёз у человека и животных. Существует мнение, что предшественниками патогенных для человека микобактерий были древние почвенные микобактерии.
Все микобактерии разделяют на патогенные для человека и условно-патогенные.
В клинической микробиологии используют несколько подходов для классификации микобактерий:
• по скорости и оптимальной температуре роста, способности к образованию пигмента;
• по клинически значимым комплексам.
Вызывающие туберкулёз виды микобактерий объединены в комплекс M. tuberculosis, включающий M. tuberculosis, M. bovis, M. bovis BCG, M. africanum, M. microti, M. сanettii. В последнее время к нему отнесены M. pinnipedii, M. caprae, филогенетически имеющие отношение к M. microti и M. bovis.
Остальные микобактерии, вызывающие различные микобактериозы, отнесены к группе нетуберкулёзных микобактерий. Из этой группы выделяют следующие комплексы: M. avium, состоящий из M. avium, M. intracellulare, M. scrofulaceum; M. fortuitum включающий подвиды M. fortuitum и M. chelonae, и M. terrae, включающий М. terrae, M. triviale и M. nonchromogenicum. Важнейшие группы составляют возбудители проказы M. leprae, а также возбудители язвенных поражений Buruli M. ulcerans.
Такая классификация объединяет виды микобактерий с одинаковой клинической значимостью, когда более тонкая их дифференциация несущественна. Для идентификации видов внутри групп и комплексов используют биологические, биохимические и молекулярные методы.