Трансплантация органа или ткани в пределах одного и того же биологического вида от одного его представителя другому, генетически не идентичному, стимулирует иммунный ответ, именуемый аллоиммунным. Его инициирует распознавание антигена Т-лимфоцитами (аллораспознавание), за чем следует каскад клеточных и молекулярных реакций, конечный итог которых - деструкция трансплантата.
Аллоиммунный ответ обеспечивает нормальная функция молекул главного комплекса гистосовместимости (MHC), кодирующихся генами, расположенными на хромосоме 6. Гены МНС кодируют белки клеточной поверхности и человеческие лейкоцитарные антигены (HLA), которые играют критическую роль в распознавании "своего" и "чужого". Комплекс генов МНС подразделяют на три региона. Гены региона I класса кодируют тяжёлые полипептидные цепи молекул HLA I класса (классические HLA-А, -В и -С, а также ряд других, неклассических молекул). Регион II класса кодирует α- и β-цепи молекул HLA II класса - HLA-DR, -DP, -DQ, -DM и -DO. Кроме того, этот регион содержит гены, кодирующие белки, обеспечивающие эндогенный путь процессинга антигена, осуществляемый молекулами HLA I класса. Регион III класса кодирует разные белки, участвующие в иммунологических реакциях, в частности фактор некроза опухоли и белки системы комплемента (С2, С4, компоненты альтернативного пути активации комплемента).