А.А. Смородинцев в 1944 г. доказал вирусную природу ГЛПС. В 1976 г. H.W. Lee выделил в срезах из лёгочной ткани полевых мышей антиген вируса Hantaan (по названию реки Хантаан). Возбудитель ГЛПС относят к роду Hantavirus, семейства Bunyaviridae (совещание ВОЗ, 1985 г.). Известно четыре серотипа вируса ГЛПС: Хантаан, Сеул, Пуумала, Добрава (циркулируют в природных очагах Дальнего Востока и азиатских странах). Серотипы Пуумала и Добрава циркулируют в европейской части РФ и в Европе.
Источник заражения людей - дикие грызуны (полевая мышь и рыжая полёвка) - хронические носители хантавирусов, выделяющие вирус во внешнюю среду со слюной, мочой, экскрементами.
Заражение людей происходит по воздушно-пылевому пути (до 80%), при вдыхании заражённой пыли; алиментарным путём - через пищу, если в неё попали выделения грызунов; контактным путём - через повреждённые кожные покровы при соприкосновении с грызунами или инфицированными предметами (хворост, солома, сено и т.д.).
Существует прямая зависимость заболеваемости человека от численности грызунов. Передача вируса ГЛПС от человека к человеку не установлена. Динамика заболеваемости ГЛПС характеризуется периодическими подъёмами каждые 3-4 года. Пики заболеваемости происходят весной и осенью (вплоть до декабря).