Прогноз АФС-нефропатии при естественном течении неблагоприятен: 10-летняя почечная выживаемость составляет 52%. Факторы риска развития ХПН у больных АФС-нефропатией при первичном и вторичном АФС - тяжёлая артериальная гипертензия, эпизоды транзиторного ухудшения функции почек, признаки ишемии почек по данным УЗДГ, а также морфологические изменения в биоптатах почек - артериолосклероз и интерстициальный фиброз. У больных АФС-нефропатией с экстраренальными артериальными тромбозами в анамнезе ХПН возникает чаще. Единственный фактор, благоприятно влияющий на прогноз АФС-нефропатии, - лечение антикоагулянтами на любом этапе течения болезни. Антикоагулянтная терапия увеличивает 10-летнюю почечную выживаемость с 52 до 98%.