Клиническая картина АФС отличается значительным разнообразием. Поли-морфизм клинических проявлений определяется локализацией тромбов в венах, артериях или мелких внутриорганных сосудах. Как правило, тромбозы рецидивируют либо в венозном, либо в артериальном русле. Сочетание тромботической окклюзии периферических сосудов и сосудов микроциркуляторного русла формирует клиническую картину полиорганной ишемии, приводящей у некоторых больных к полиорганной недостаточности.