В настоящее время типичный постдиарейный ГУС имеет благоприятный прогноз: в 90% случаев наступает выздоровление. Смертность во время острого эпизода составляет 3-5% (резкое снижение смертности, составлявшей в 60-х гг. прошлого века 50%, произошло в результате значительного прогресса в лечении ОПН, анемии, артериальной гипертензии, электролитных нарушений, который был достигнут за последние 40 лет). Почти у 5% больных, переживших острую стадию болезни, развивается ХПН или тяжёлые экстраренальные проявления, а у 40% длительно сохраняется снижение СКФ. С риском развития ХПН в будущем ассоциированы анурия продолжительностью более 10 дней, необходимость применения ГД в остром периоде болезни, протеинурия, сохраняющаяся в течение года после купирования острого эпизода. Морфологическими факторами риска неблагоприятного прогноза в отношении функции почек являются очаговый кортикальный некроз, поражение более 50% клубочков и артериолярный тип поражения.
Атипичный ГУС отличается неблагоприятным прогнозом. В острый период отмечают высокую смертность в результате тяжёлого поражения ЖКТ и ЦНС. Восстановление функции почек после перенесённой ОПН возможно менее чем у 50% больных. В дальнейшем эпизоды ТМА обычно рецидивируют, неуклонно приводя к развитию ХПН или смерти.
Острая ТТП в начале 60-х гг. была практически фатальным заболеванием со смертностью 90%. Однако в настоящее время благодаря ранней диагностике, разработке новых терапевтических подходов (лечение свежезамороженной плазмой), современным методам интенсивной терапии смертность снизилась до 15-30%. В момент рецидива ТМА смертность меньше, чем при первом эпизоде болезни. Это связывают со своевременной диагностикой и безотлагательным началом плазмозамещающей терапии. Хотя рецидив отвечает на лечение как и первый эпизод, долговременный прогноз при рецидивирующей форме ТТП, как правило, хуже, чем при единственном эпизоде ТМА.