Наиболее характерные признаки хронического пиелонефрита - рубцы, лимфоидные и гистиоцитарные инфильтраты в интерстиции, участки расширения канальцев, часть из которых заполнена коллоидными массами ("тиреоидоподобная" трансформация канальцев); на поздних стадиях отмечают поражение клубочков и кровеносных сосудов; характерно массовое запустение канальцев и их замещение неоформленной соединительной тканью.
Важнейший признак, отделяющий пиелонефрит от других тубулоинтерстициальных поражений почки, - обязательное вовлечение в процесс чашечно-лоханочной системы.