Различают обструктивный и необструктивный хронический пиелонефрит, который может быть одно- и двусторонним. Необструктивный пиелонефрит, в отличие от обструктивного, возникает без предшествующих структурно-функциональных изменений в почках и мочевыводящих путях. В основе обструктивного пиелонефрита всегда лежат расстройства уродинамики (пузырно-мочеточниковый рефлюкс) и факторы механической окклюзии (закупорки) верхних мочевыводящих путей (конкременты, кровяные сгустки, воспалительный детрит, стриктура мочеточника, сдавление его извне и др.), сопровождаемые нарушением пассажа мочи из почки в мочевой пузырь.
Обострение пиелонефрита, которое следует рассматривать как острый воспалительный процесс, может протекать в виде серозного (обратимый) и гнойного (необратимый, деструктивный) воспаления, протекающего в форме апостематозного нефрита, абсцесса, карбункулов почки. В запущенных случаях могут возникать очаговый и диффузный паранефрит и флегмона забрюшинного пространства.