До применения активной иммуносупрессивной терапии почти у 100% пациентов в течение года развивалась терминальная почечная недостаточность. С применением этого лечения более чем у 80% пациентов удаётся добиться ремиссии. Прогноз при системных заболеваниях может определяться также поражением других органов (сердечно-сосудистая система, лёгкие).
Вероятность терминальной почечной недостаточности возрастает по мере увеличения числа почечных клубочков с полулуниями. Показано, что при поражении 30% и более почечных клубочков у всех пациентов в течение 2 лет возникает потребность в программном ГД. Потребность в ГД в дебюте болезни и пожилой возраст также ухудшают прогноз. При малоиммунном (pauci, III тип) БПГН ESRD (or death or new) риск необратимого ухудшения функционального состояния почек возрастает в 1,8 раза при увеличении числа полностью склерозированных клубочков на 10% и в 1,5 раза - при повышении количества клубочков с полулуниями на 10%. Выраженное поражение почечного тубулоинтерстиция, экспрессия его структурами трансформирующего фактора роста-β и мембраноатакующего комплекса комплемента (фракции С5b-C9) свидетельствуют в пользу высокой вероятности отсутствия ответа на лечение.
Выживаемость почечного трансплантата у больных БПГН в течение 1 года достигает 90%. Риск рецидива заболевания в почечном трансплантате может быть несколько выше при некоторых системных заболеваниях.