Риск терминальной почечной недостаточности максимален при II типе МКГН, минимален - при III типе. Вероятность ухудшения функционирования почек возрастает при стойком нефротическом синдроме и при наличии гиперкреатининемии в дебюте заболевания. Следует иметь в виду, что при отдельных заболеваниях, в рамках которых наблюдается МКГН, прогноз во многом определяется внепочечными осложнениям (например, острыми нарушениями мозгового кровообращения при тяжёлой артериальной гипертонии, типичной для HCV-ассоциированной криоглобулинемии).