Течение IgA-нефропатии считают в целом благоприятным. Терминальная почечная недостаточность через 10 лет развивается у 15-20%, через 20 лет - у 25-40% больных. Однако эти данные получены на основании случаев, подтверждённых биопсией, и не включают больных с небольшой изолированной гематурией, которым биопсию почки, как правило, не проводят.
Риск необратимого ухудшения функций почек возрастает при артериальной гипертензии в дебюте заболевания, нарастающей протеинурии, особенно нефротическом синдроме. У больных с макрогематурией прогноз, как правило, более благоприятен по сравнению с пациентами с микрогематурией.
Риск терминальной почечной недостаточности возрастает при выявляемых при морфологическом исследовании ткани почки интерстициального фиброза, тубулярной атрофии и гломерулосклероза. Как и при других вариантах ХГН, о неблагоприятном почечном прогнозе с большей достоверностью свидетельствует не клубочковое, а тубулоинтерстициальное поражение.
При семейной форме IgA-нефропатии вероятность терминальной почечной недостаточности выше, чем при спорадических случаях этого заболевания.