Характерные для IgA-нефропатии патологические изменения - гранулярные депозиты IgA и C3-компонента комплемента, обнаруживаемые с помощью иммунофлуоресцентной микроскопии, свидетельствуют в пользу иммунокомплексной природы этого заболевания. Одна из гипотез предполагает аномальное гликозилирование IgA, что ведёт к его отложению в клубочках и вызывает активацию лейкоцитов с последующей реализацией воспалительного каскада.
В качестве возможных этиологических факторов IgA-нефропатии обсуждают вирусные (и другие инфекционные), пищевые и эндогенные антигены. Среди вирусов наиболее определённой считают роль респираторных, в том числе цитомегаловируса и вируса Эпстайна-Барр.
Микотоксин, поступая в кишечник и нарушая функцию иммунной системы слизистой оболочки, может также выступать в качестве одной из причин IgA-нефропатии.
Среди пищевых антигенов у некоторых больных удаётся установить роль глютена. В сыворотке крови ряда пациентов с IgA-нефропатией выявляют повышение титра IgA-антител к глиадину и другим пищевым белкам; при этом иногда наблюдают типичную клиническую картину глютеновой энтеропатии (целиакии). Возможно участие в патогенезе IgA-нефропатии и некоторых эндогенных антигенов, например белков теплового шока.
Предрасположенность к IgA-нефропатии может быть обусловлена носительством отдельных локусов системы "HLA - HLA BW35 и НLА-DR4". Прогрессированию IgA-нефропатии может также способствовать наличие D-aллеля гена, кодирующего АПФ.