Трудности диагностики обусловлены отсутствием патогномоничных клинических признаков. От начала заболевания до установления диагноза нередко проходит около 3 лет. 40% больных с АП первоначально ставят диагноз двусторонней пневмонии, причём даже в случаях выявления изменений при плановой флюорографии и полном отсутствии жалоб. Почти половине больных АП диагностируют туберкулёз и назначают противотуберкулёзную терапию.