Как правило, неблагоприятный прогноз заболевания вследствие развития злокачественной опухоли наблюдается в детском возрасте. У взрослых возможно относительно благоприятное течение, средняя продолжительность болезни достигает 10-12 лет. Причинами смерти при ЛКГЛ чаще становятся дыхательная недостаточность, лёгочная гипертензия [33], опухоли (гемобластозы, рак лёгкого). Лёгочная гипертензия у больных ЛКГЛ считается ведущим фактором риска неблагоприятного прогноза [23]. Вовлечение плевры (в частности, облитерация рёберно--диафрагмального синуса) коррелирует с неблагоприятным прогнозом. Несахарный диабет также рассматривают как маркёр неблагоприятного прогноза [34].
Своевременный отказ от курения позволяет смягчить течение болезни [31], поэтому первоочередной задачей при лечении ЛКГЛ служит отказ от курения.