Крайне тяжёлое состояние больного, поздние стадии сердечной и лёгочной недостаточности, свежий инфаркт миокарда, острое тифопаратифозное заболевание, острый дивертикулит, перитонит, операция на органах брюшной полости, тяжёлые формы язвенного и ишемического колита, молниеносный гранулематозный колит, техническая сложность проведения исследования (рак прямой кишки), беременность.