Первое документированное исследование в области экономики здравоохранения относят к XVII в., когда W. Petty оценил стоимость человеческой жизни в 60-90 английских фунтов стерлингов. В XIX в. W. Farr в своих работах рассчитал экономические выгоды от медицинской помощи, оказываемой рабочим во время эпидемий, на основе анализа потерь, связанных с недопроизводством продукции и отсутствием заработной платы в период болезни (много позднее этот подход в зарубежной литературе был усовершенствован и получил название "человеческий капитал"). Однако эти попытки были скорее исключением, чем правилом, и до середины XX в. систематический экономический анализ в медицине не использовали.
Только в 50-х гг. американские экономисты K. Arrow и M. Fridmann начали изучать возможность использования общей экономической теории в медицине и здравоохранении. Они видели два пути практического применения экономических знаний: в качестве информационной поддержки при принятии решений по распределению ресурсов и в качестве катализатора социальных реформ.
Непрекращающийся рост цен на медицинские услуги и медикаменты в 1960-70-х гг. привёл администраторов, принимающих решения, к мысли о необходимости разработки механизмов контроля над ценами. В ходе обсуждения проблемы удешевления оказываемой помощи возник термин "экономическая эффективность", в начале подразумевавший простое соотношение затрат на входе и результата на выходе (например, число и, соответственно, стоимость, койко-дней, приходящихся на одну операцию). Первые примеры экономического анализа, получившего позже название "анализ стоимости болезни", принадлежат американским учёным Clarmann, Fane и Rice и были посвящены расчёту стоимости "бремени болезней" для общества, в частности, дорожно-транспортных травм, психических и инфекционных болезней.