Говоря об использовании АСИТ в комплексе противоаллергического лечения, нельзя обойти вниманием сравнительные данные о побочных эффектах применения фармакологических препаратов и лечебных аллергенов. Хорошо известно, что длительное или постоянное применение агонистов β2-адренорецепторов существенно повышает риск внезапной смерти больных БА. Накоплены также сведения о возникновении нежелательных реакций от приёма отдельных блокаторов Н1-рецепторов гистамина; хорошо известны побочные эффекты применения теофиллинов. В настоящее время широко распространены препараты глюкокортикоидов местного действия. Не оспаривая их терапевтической эффективности и значения в комплексном противоаллергическом лечении, следует напомнить, что именно у детей длительное применение таких препаратов не устраняет признаков воспаления в периферических отделах бронхолёгочного аппарата, несмотря на отсутствие симптомов заболевания в период приёма ЛС. С другой стороны, опыт использования АСИТ в тех странах, где это лечение проводят подготовленные специалисты, свидетельствует о возможности вообще избежать системных реакций при проведении курсов АСИТ.
В позиционном документе ВОЗ, посвящённом АСИТ и опубликованном в 1998 году, показано, что лечение методом АСИТ, несомненно, эффективно при аллергических респираторных заболеваниях (АР, атопическая БА лёгкого течения) с сенсибилизацией к пыльцевым аллергенам и клещам домашней пыли при условии правильного отбора пациентов. Однако, несмотря на представленные клинические доказательства, метод АСИТ по сравнению с методом ингаляционной противовоспалительной терапии не применяли столь широко. В рекомендациях по лечению БА и АР АСИТ отводили последнее место, представляли этот метод терапии как вспомогательный и рекомендовали его при неэффективности стандартной медикаментозной терапии.