К ним относят трудности, возникающие при проведении стробоскопического исследования у детей и особенности стробоскопической картины в различные возрастные периоды у детей.
У детей проведение стробоскопического исследования сопряжено с рядом технических трудностей. В зависимости от модели стробоскопа, имеющегося в наличии, при нежелании ребёнка фонировать гласный звук врач ничего не увидит, так же как и в случае, если ребёнок внезапно замолкает во время проведения исследования. При этом существует опасность травмировать слизистую оболочку полости рта ребёнка. Этого не произойдёт, если стробоскоп имеет автоматический режим подсветки.
Для лучшей оценки вибраторной активности голосовых складок фонация должна быть определённой длительности. У детей, особенно младшего возраста, достигнуть её весьма проблематично. Время фонации может исчисляться лишь несколькими секундами. Поэтому перед проведением исследования врач не только объясняет, но и показывает ребёнку, что и как именно ему нужно делать. Своеобразная тренировка - запись голоса для спектрального анализа или определение времени максимальной фонации.
До определённого возраста существуют так же и трудности при переходе из одного регистра в другой. Детям не только раннего и дошкольного, но и младшего школьного возраста, бывает сложно объяснить, что такое фонация в грудном регистре. Поэтому, в лучшем случае, стробоскопическое исследование проводят в привычной для ребёнка манере голосоведения.
Ещё одна сложность состоит в том, что в ряде случаев блок стробоскопа комплектуют жёсткой оптикой с углом зрения 90° градусов и диаметром 10 мм. У детей не только раннего возраста, но и в более поздний период, использование оптики подобного диаметра технически невозможно. Поэтому исследование проводят только с использованием жёсткой оптики диаметром не более 4 мм.