Отсутствие или снижение способности гипоталамуса секретировать гонадолиберины или гипофиза секретировать ЛГ и ФСГ приводят к развитию гипогонадотропного гипогонадизма. В основе гипогонадотропного гипогонадизма лежат врождённые или приобретённые аномалии ЦНС и гипоталамо-гипофизарных структур, приводящие к изолированному повреждению гонадотропной секреции, множественному выпадению тропных функций гипофиза, дефектам развития многих органов и систем, сочетающихся с гормональными нарушениями.