Главный специалист и координатор деятельности врачей в диагностике расстройств половой идентификации - врач-сексолог, который обеспечивает полноту и качество обследования пациента. Обоснование диагностики только субъективной информацией, полученной от пациента, недопустимо. Учитывая трудности в процессе дифференциальной диагностики, было предложено при первичной диагностике выделять лиц, стремящихся к оперативной смене пола, в особую нозологическую группу, а такие состояния обозначать как "синдром отвергания пола" (впоследствии этот синдром был назван "половой дисфорией"). Установленные ранее диагнозы F64.1, F64.2, F64.8 можно трактовать как транссексуализм только после периода наблюдения не менее года и последующего повторного обследования в полном объёме. Рубрику F66 следует использовать, когда невозможно с уверенностью диагностировать то или иное расстройство половой идентификации, а обращение за медицинской помощью связано с проблемами сексуальной адаптации (неприятие направленности своего сексуального влечения, как, например, при гомосексуализме и др.).